Вчені знайшли спосіб діагностувати віруси за зразком крові

8 Views Comment Off

Вчені створили інструмент для універсальної перевірки на всі відомі людські віруси.

Вірусологи з нью-йоркського Колумбійського університету (Columbia University) розробили унікальну техніку виявлення вірусів у людини і тварин: вона швидко і ефективно визначає наявність одного з багатьох тисяч відомих вірусів.

Наприклад, недавній випадок одного з авторів роботи Іена Ліпкіна (Ian Lipkin) – діагностика за аналізом крові людини, якій пересадили кістковий мозок, після чого він захворів. Йому не могли поставити діагноз, але було очевидно, що у нього вкрай сильно запалені судини. Кілька років тому Ліпкін аналізував подібний випадок і відкрив тоді новий поліомавірус. Він думав, що, можливо, тут мова також піде про новий, невідомий вірус. Проте все виявилося не так: при обробці аналізу за допомогою нової системи з’ясувалося, що у чоловіка вірус денге. У цьому була логіка, оскільки пацієнт не так давно відвідував В’єтнам, де денге досить поширений. Але дуже важливо, що вчені навіть не думали шукати в його крові денге. “Коли перевіряють зразки крові хворих, зазвичай діють відповідно до гіпотези. Може бути, що це ентеровірус. Може бути, що це вірус герпесу. Відповідно до цієї здогадки вибирається і сам аналіз – той, що призначений для конкретного інфекційного агента. Зазвичай немає можливості шукати в максимально широкому діапазоні”, – пояснює Ліпкін.

Нова система – VirCapSeq-VERT – вільна від цих обмежень. Ліпкін і колеги створили інструмент для універсальної перевірки на всі відомі людські віруси. Вона поєднує переваги секвенування ДНК (яка гранично точно визначає вірус за її генами, але страждає від чутливості до присутності генів носія) і ПЛР (полімеразна ланцюгова реакція, яка знімає проблему чутливості, але щоразу вимагає якоїсь виразної гіпотези). Образно її дія нагадує риболовлю неймовірних масштабів: два мільйони “гачків”, розрахованих на різні віруси і їх варіації, опускаються в зразок крові. Потім все, що “зачепилося” за ці гачки, піддається секвенуванню, і ви отримуєте розшифровку генома всіх присутніх в крові вірусів.

Система протестована на визначення вірусів Ебола, денге, грипу та MERS, причому не тільки по зразках крові, але і тканин та інших рідин, і навіть за зразком калу кажана. У всіх випадках VirCapSeq-VERT успішно визначала віруси, навіть якщо їх присутність було мінімальною.

Оскільки в результаті застосування техніки виходять повні геноми вірусів, виключені хибнопозитивні результати. Паралельно можна побачити мутації, які зазнав геном вірусу, і які могли б перешкодити його традиційній діагностиці та лікуванню. Потенційно система здатна показати і присутність нових вірусів. “Ми певно не знайдемо нічого абсолютно нового, але можемо виявити все, що в межах 60% -ної схожості з представленими в нашій бібліотеці вірусами”, – говорить Ліпкін.

Крім того, можна аналізувати дані відразу декількох пацієнтів – до 21 людини одночасно. Це дозволяє істотно економити на аналізах.

... ... .

Related Articles

404